| Parcours Gestion des organisations · ECM Ecole de commerce et management | Licence | 53 | 100 % |
| Arts du spectacle · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 302 | 100 % |
| Licence Langues étrangères appliquées · Double diplôme franco-italien : Développement International des Entreprises, en partenariat avec l'Université de Trente · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 86 | 100 % |
| Géographie et aménagement · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 225 | 100 % |
| Histoire · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 874 | 100 % |
| Histoire de l'art et archéologie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 588 | 100 % |
| Langues étrangères appliquées · Parcours Choix de 2 langues parmi : Anglais, Allemand, Espagnol, Italien, Russe · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 869 | 100 % |
| Langues, littératures et civilisations étrangères et régionales · Parcours Italien · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 53 | 100 % |
| Langues, littératures et civilisations étrangères et régionales · Parcours Allemand · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 40 | 100 % |
| Langues, littératures et civilisations étrangères et régionales · Parcours Anglais · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 779 | 100 % |
| Langues, littératures et civilisations étrangères et régionales · Parcours Espagnol · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 134 | 100 % |
| Parcours Lettres classiques · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 169 | 100 % |
| Parcours Lettres modernes · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 433 | 100 % |
| Musicologie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 195 | 100 % |
| Portail Mathématiques · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 847 | 100 % |
| Portail Philosophie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 307 | 100 % |
| Portail Sciences de la vie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 1 793 | 100 % |
| Portail Sciences pour l'ingénieur · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 610 | 100 % |
| Sciences du langage · Parcours communication et société · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 275 | 100 % |
| Sciences du langage · Parcours langage, discours et société · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 304 | 100 % |
| Sociologie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 838 | 100 % |
| Administration économique et sociale · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 1 093 | 99 % |
| Economie et gestion · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 1 527 | 99 % |
| Portail Physique, chimie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 925 | 99 % |
| Parcours Gestion des Ressources Humaines · ECM Ecole de commerce et management | Licence | 69 | 98 % |
| Sciences de la terre · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 363 | 98 % |
| Gestion · Parcours Commerce Vente et Marketing · ECM Ecole de commerce et management | Licence | 309 | 79 % |
| Langues, littératures et civilisations étrangères et régionales · Parcours Formation franco-allemande appliquée : culture et économie, en partenariat avec l'Université de Wuppertal (Bergische Universität) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 40 | 74 % |
| Portail Droit · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 1 977 | 64 % |
| Informatique · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 698 | 62 % |
| Portail Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 2 113 | 60 % |
| Portail Psychologie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 2 948 | 49 % |
| Licence Droit · Double Diplôme Maîtrise en Droit / LLB Common Law and Civil Law · uFC-Univ Limerick · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence | 154 | 13 % |
| Conception de produits industriels · Lycée Saint Paul | BTS | 116 | 88 % |
| Assistance technique d'ingénieur · Lycée Saint Paul | BTS | 91 | 87 % |
| Technico-commercial · Spécialité alimentation et boisson · Lycée professionnel Agricole François Xavier | BTS | 47 | 85 % |
| Management économique de la construction · Lycée Saint Paul | BTS | 76 | 83 % |
| Conception de processus de découpe et d'emboutissage · Lycée Jules Haag | BTS | 62 | 82 % |
| Comptabilité et gestion · Institution Notre-Dame Saint-Jean - LYCEE | BTS | 216 | 72 % |
| Bâtiment · Lycée professionnel Pierre-Adrien Paris | BTS | 166 | 65 % |
| Cybersécurité, Informatique et réseaux, ELectronique · Option B : Electronique et réseaux · Lycée Victor Hugo | BTS | 250 | 65 % |
| Management Commercial Opérationnel · Institution Notre-Dame Saint-Jean - LYCEE | BTS | 356 | 64 % |
| Conception et Réalisation de Systèmes Automatiques · Lycée Jules Haag | BTS | 190 | 59 % |
| Contrôle industriel et régulation automatique · Lycée Jules Haag | BTS | 134 | 55 % |
| Travaux publics · Lycée professionnel Pierre-Adrien Paris | BTS | 141 | 53 % |
| Services et prestations des secteurs sanitaire et social · Lycée Louis Pergaud | BTS | 434 | 52 % |
| Assurance · Lycée Claude Nicolas Ledoux | BTS | 320 | 51 % |
| Comptabilité et gestion · Lycée Louis Pergaud | BTS | 424 | 46 % |
| Conception et industrialisation en microtechniques · Lycée Jules Haag | BTS | 405 | 42 % |
| Collaborateur juriste notarial · Lycée Louis Pergaud | BTS | 442 | 42 % |
| Gestion de la PME · Lycée Louis Pergaud | BTS | 574 | 38 % |
| Professions immobilières · Lycée Claude Nicolas Ledoux | BTS | 690 | 35 % |
| Services informatiques aux organisations · Lycée Louis Pergaud | BTS | 371 | 30 % |
| Cybersécurité, Informatique et réseaux, ELectronique · Option A : Informatique et réseaux · Lycée Jules Haag | BTS | 609 | 29 % |
| Négociation et digitalisation de la Relation Client · Lycée Claude Nicolas Ledoux | BTS | 871 | 21 % |
| Banque · Lycée Claude Nicolas Ledoux | BTS | 566 | 18 % |
| Etude et réalisation d'agencement · Lycée Claude Nicolas Ledoux | BTS | 532 | 7 % |
| Classe d'approfondissement en arts plastiques · Institution Notre-Dame Saint-Jean - LYCEE | Autre formation | 106 | 96 % |
| C.M.I · Histoire · Cursus Master en Ingénierie (CMI) : Editions Numériques et Patrimoine de l'Antiquité à nos jours · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 22 | 74 % |
| Cycle pluridisciplinaire d'Études Supérieures · Sciences pour l'ingénieur · Parcours: Ingénierie, Environnement et Société · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 281 | 73 % |
| C.M.I · Physique, chimie · Cursus Master en Ingénierie (CMI) : Photonique, micro et nanotechnologies, temps-fréquence · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 80 | 54 % |
| C.M.I · Sciences de la terre · Cursus Master en Ingénierie (CMI) : Géologie appliquée · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 56 | 47 % |
| C.M.I · Géographie et aménagement · Cursus Master en Ingénierie (CMI) : Sciences de l'information géographique pour l'innovation territoriale (SIGIT) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 65 | 45 % |
| Diplôme National d'Art · Ecole d'art de Besançon (Institut supérieur des beaux-arts) | Autre formation | 224 | 42 % |
| Diplôme de Comptabilité et de Gestion · Lycée Louis Pergaud | Autre formation | 711 | 25 % |
| DN MADE · Graphisme · Spécialité : Edition · Lycée Louis Pasteur | Autre formation | 440 | 24 % |
| DN MADE · Spécialité : Régie lumière du spectacle vivant · Lycée Louis Pasteur | Autre formation | 105 | 24 % |
| DTS Imagerie médicale et radiologie thérapeutique · Lycée Louis Pergaud | Autre formation | 946 | 23 % |
| DN MADE · Spécialité : Régie son du spectacle vivant · Lycée Louis Pasteur | Autre formation | 121 | 17 % |
| DN MADE · Espace · Spécialité : cadre de vie, scénographie et agencement · Lycée Claude Nicolas Ledoux | Autre formation | 520 | 16 % |
| Université de Strasbourg · Certificat de capacité d'Orthophoniste · Unité de formation et de recherche des sciences de la santé de l'université de Besançon | Autre formation | 1 160 | 16 % |
| Université de Strasbourg · Certificat de capacité d'Orthoptiste · Unité de formation et de recherche des sciences de la santé de l'université de Besançon | Autre formation | 382 | 16 % |
| Théâtre · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 166 | 14 % |
| Centre de Ressources, d'Expertise et de Performance Sportive de Dijon (CREPS) · BPJEPS · Spécialité Educateur sportif · Mention Activités aquatiques et de la natation · CREPS de Dijon - Antenne de Besançon | Autre formation | 47 | 13 % |
| D.E Ergothérapeute · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 331 | 10 % |
| C.M.I · Sciences pour l'ingénieur · Cursus Master en Ingénierie (CMI) : Structures et systèmes intelligents · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 180 | 8 % |
| D.E Psychomotricien · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Autre formation | 425 | 7 % |
| BPJEPS · Spécialité Educateur sportif · Mention Activités de la forme · Biomedal | Autre formation | 52 | 2 % |
| BPJEPS · Spécialité Educateur sportif · Mention Activités de la forme · Biomedal | Autre formation | 62 | 2 % |
| BPJEPS · Spécialité Educateur sportif · Mention Activités de la forme · Biomedal | Autre formation | 45 | 2 % |
| ECG · Mathématiques approfondies + HGG · Lycée Louis Pergaud | CPGE | 362 | 68 % |
| ECT · Option technologique · Lycée Louis Pergaud | CPGE | 265 | 67 % |
| BCPST · Lycée Victor Hugo | CPGE | 926 | 62 % |
| PTSI · Lycée Jules Haag | CPGE | 510 | 57 % |
| PCSI · Lycée Victor Hugo | CPGE | 1 426 | 51 % |
| Lettres · Lycée Louis Pasteur | CPGE | 645 | 45 % |
| MP2I · Lycée Victor Hugo | CPGE | 1 096 | 41 % |
| ENS Cachan D2 · Lycée Louis Pergaud | CPGE | 589 | 38 % |
| MPSI · Lycée Victor Hugo | CPGE | 1 087 | 28 % |
| Portail Mathématiques · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 407 | 100 % |
| Portail Sciences pour l'ingénieur · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 213 | 100 % |
| Portail Physique, chimie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 571 | 99 % |
| Portail Droit · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 405 | 85 % |
| Portail Philosophie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 136 | 79 % |
| Portail Psychologie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 1 314 | 39 % |
| Portail Sciences de la vie · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 1 203 | 35 % |
| Portail Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | Licence accès santé (LAS) | 1 097 | 19 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 1 467 | 45 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 1 513 | 37 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 1 734 | 35 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 2 237 | 34 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 1 804 | 27 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 2 151 | 24 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 3 164 | 23 % |
| Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) · Université Marie et Louis Pasteur - Université de Franche-Comté | PASS | 2 726 | 18 % |
| Chimie · I.U.T de Besançon | BUT | 1 091 | 78 % |
| Génie mécanique et productique · I.U.T de Besançon | BUT | 926 | 52 % |
| Gestion des entreprises et des administrations · I.U.T de Besançon | BUT | 1 351 | 46 % |
| Information communication Parcours communication des organisations · I.U.T de Besançon | BUT | 771 | 38 % |
| Information communication Parcours publicité · I.U.T de Besançon | BUT | 655 | 20 % |
| D.E Educateur Technique Spécialisé · IRTS de Franche-Comté | EFTS | 11 | 86 % |
| D.E Assistant de Service Social · IRTS de Franche-Comté | EFTS | 50 | 63 % |
| D.E Educateur de Jeunes Enfants · IRTS de Franche-Comté | EFTS | 110 | 42 % |
| D.E Educateur Spécialisé · IRTS de Franche-Comté | EFTS | 157 | 29 % |
| Regroupement d'IFSI Université Franche-Comté Besançon · D.E Infirmier · IFSI CHU Besançon | IFSI | 3 277 | 27 % |